A Faculdade de Medicina da Universidade Católica Portuguesa, à imagem das escolas médicas portuguesas recentes, conta à data da sua criação com unidades de investigação em saúde, particularmente o Centro de Investigação Interdisciplinar em Saúde (CIIS).

Este é também o desafio da Universidade Católica Portuguesa, aproveitando o conhecimento científico criado no CIIS e criando, não só, novas linhas e grupos de investigação como uma nova instituição dedicada à investigação. O Centro de Investigação Interdisciplinar em Saúde (CIIS), que está presente em três dos seus centros regionais (Lisboa, Porto e Viseu) e foi classificado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) com Muito Bom;

Também na área da saúde e igualmente reconhecido pela FCT, a UCP dispõe do Centro de Biotecnologia e Química Fina (CBQF) com estatuto de Laboratório Associado desde 2004, presente no Centro Regional do Porto e foi classificado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) com Excelente.

A Faculdade de Medicina da Universidade Católica Portuguesa terá uma forte componente de aprendizagem baseada na ciência. Isto é possível graças à decisão estratégica de desenvolver a plataforma de investigação de Medicina no CIIS e à sua expansão para o campus de Sintra.

A Faculdade de Medicina é apoiada pelo projeto TRAINING4RESILIENCE, financiado pela União Europeia (NextGenerationEU), Impulso Jovens STEAM e Impulso Adultos, no âmbito do Programa de Recuperação e Resiliência (PRR).